a.转基因技术带来的非预期变化
用于创造转基因植物的技术既不精确也不准确。在转基因操作过程当中，多个拷贝的外源基因或基因片断经常随机地插入作物原有的基因当中，以及造成原有基因的缺失或重排。这些情况可能导致的非有意和非预期后果包括：
破坏作物的原有基因及它们的正常功能，有可能导致产生不可预料的有毒或反营养物质；
增加或减少作物原本的毒素或致敏蛋白的表达量；
如果多拷贝同时存在时可能发生基因沉默。
因此，对转基因稻米的安全评估必须包括到可能的非有意和非预期后果。
b.致敏性，毒性和营养价值
转入基因的表达产物是否有毒性或致敏性，在对转基因食品的安全评估中需要非常仔细。很多人每天会进食大量的大米，因此食品安全评估一定要进行得非常严格，对转入的基因成分及其蛋白产物的最终去向要进行深入的研究。这就要求对基因及其蛋白产物在烹饪过程中的降解情况，以及它们在人体消化道中的活性表现进行评估。
对于Bt毒蛋白基因和豇豆胰蛋白酶抑制剂基因，还会有特别的健康问题顾虑，因此需要全面地进行分析。
如果抗抗生素的基因被用作基因标记物，那么透过基因转移至微生物而导致抗生素疗法失效的可能性就应成为在风险评估中的一个内容。 转基因稻米可能通过以下途径对环境和农业经济造成不利影响。
a.杂草问题
转基因稻米对杂草稻或野生稻的基因流(植物间通过交叉授粉而发生的基因流动)将是有害的。如果基因流将外源基因转入到杂草稻和/或红稻中，可能会增加它们的竞争优势而使其变得更为麻烦，农民将为杀死它们而施用更多的有毒化学品。例如，抗虫或抗病基因的转入将会增加红稻的竞争优势。
b.野生稻
在有野生稻分布的栽培稻种植地区，它们之间的基因流也迟早会发生。野生稻的基因库将因此而被污染，从而损害野生稻生物多样性的保育工作。转基因栽培稻与野生稻的杂交后代可能会使原始类型的野生稻种群灭没，导致它们灭绝。野生稻种的消失将是遗传资源的重大损失，这也将会威胁到未来的育种和粮食安全，因为作物育种需要依赖于多样性的遗传资源。
c.非转基因栽培稻
非转基因稻米会被基因流污染，这将危及非转基因稻米的供给，扰乱市场从而可能带来经济损失。
d.对非靶标生物的影响
是否会对非靶标生物产生影响是对抗虫转基因稻米评估中的一项重要内容。非靶标生物是指那些受到毒素影响却不是原本要对付的物种，它们可能直接摄入含有毒素的花粉或植物残体，也可通过间接途径，如捕食吃了毒素的昆虫。这可能会减少重要物种的数量，或是减少自然中那些帮助控制害虫的益虫的数量，从而危害到整个生态系统。
有科学证据，特别是来自于Bt玉米的研究表明，其对非靶标生物的间接影响是一个真实存在的问题。抗虫转基因稻米的种植也可能会带来生态上的影响，如可能会伤害到家蚕这种吐丝的经济昆虫。Bt毒素可以在土壤中积累，它对土壤生态有什么样的影响还是个未知数。对CpTI影响的研究远少于Bt毒素，但其对非靶标生物的间接影响也是一个令人担忧的问题。
e.害虫产生抗性
稻米害虫对抗虫转基因稻米的Bt毒素产生抗性也是有可能的。由于这种担心，使得人们认为要采取一定的管理措施以避免在Bt棉花和玉米身上发生这样的问题。其关键是要求建立“避难所”，即种植一定面积的非Bt作物使得对Bt敏感的种群得以生存，或是限制转基因作物的种植数量。然而，对于Bt稻米，管理措施却不那么容易被实现。因为对于很多的小农户来说，留一小块地种植不同的非转基因稻米是不太可行的。
而对于CpTI，就很少考虑抗性是否会影响它的效率以及如何缓和这种抗性。
杂交水稻完全不是转基因。杂交水稻它是由两个遗传性完全不同的品种，同时优良性状互补。杂交水稻使用的是传统的育种方法，而且需要多次大量的杂交，研发一个新品种差不多需要10年的时间，所以杂交水稻并不是转基因产品比如有一个穗子很大，籽粒很小，但是另外一个品种籽粒很大，一个籽粒很多，一个籽粒很大，这个杂种它又多又大，这个就是杂种优势。
杂交水稻和转基因水稻的区别：
转基因水稻是人类对水稻物种基因进行了干预或导入不同物种的基因，导致物种基因实质改变；而杂交水稻则是人类将不同的水稻品种进行杂交得到的杂种水稻。也就是说，杂交是一个重新排列筛选的过程，转基因则是引入新的表达因子，是另一个重新创造物种的过程。
杂交水稻暂未发现什么对人体不利的因素，但转基因水稻及相关的转基因产品则因有可能产生不可预见的生物突变，以及在食品中产生较高水平的新的毒素，而颇具争议。
