1．依据生物学习性和生态习性一般可分为6大类。
(1)一年生水生花卉
一年内完成从播种、萌发、生长、开花、结实到枯死之生命周期的水生植物。包括水芹、雨久花、泽泻、苦草和眼子 菜等。
(2)多年生水生花卉
植株寿命2年以上，冬季地上部分枯萎，地下部分在来年春天萌发生长。此类花卉又分为水生宿根花卉(如灯心草、鸢尾、菖蒲和伞草等)、水生球根花卉(包 括球茎、块茎、鳞茎和根状茎类)。
(3)水生蕨类
适应冰生环境的蕨类植物，如水蕨、 水韭等。
(4)常湿、阴湿生态型水生花卉
常湿生态型指生长于空气湿度适中环境的阳性植物，如垂柳、枫杨。阴湿生态型指适应适中空气湿度的阴生植物，如龟背竹、春羽等。
(5)高湿、高温生态型水生植物
生长于高温高湿环境的水生花卉，如王莲和热带睡莲。
(6)水生食虫植物
具有特殊器官消化小动物的水生花卉，如茅膏菜等。
2．依据生活方式和形态特征一般分为4大类。
(1)挺水型水生花卉
根或地下茎扎入泥中生长发育，上部植株挺出水面。如芦苇、千屈菜、荷花、菖蒲和慈姑等。
(2)浮叶型水生花卉
根或地下茎扎入泥中生长发育，无地上茎或地上茎柔软不能直立，叶漂浮于水面。如睡莲、王莲、芡实等。
(3)漂浮型水生花卉
根不扎入泥土，植株漂浮于水面，位置不定，随风浪和水流四处漂浮。如满江红、大漂和水葫芦等。
(4)沉水型水生花卉
根或地下茎扎入泥中生长发育，上音随株沉入水中。如苦草、黑藻、海菜花等。
3．按照栽培方式可分为3大类。
(1)切花水生花卉
以生产切花为目的的水生花卉。如 睡莲、荷花、鸢尾等。
(2)盆花水生花卉
作盆栽观赏的水生花卉。如荷花、伞草、海芋等。
(3)造景水生花卉
作为园林绿化、水体造景的水生花卉。如香蒲、菖蒲、水葱等
