2001年，一种新的水稻病毒病在我国广东省阳西县被发现，其症状虽与水稻黑条矮缩病类似，但由于该地区并无水稻黑条矮缩病毒传毒介体（灰飞虱）的分布，且病害症状与水稻黑条矮缩病略有不同，即该感病植株出现高位分蘖及茎节部形成倒生须根。经分子生物学鉴定，此种新型病毒病病原基因组S9、S10两个片段全长核苷酸序列无论在核苷酸组成、末端序列及基因排列上均具斐济病毒特征，但其与水稻黑条矮缩病毒S10相应片段核苷酸同一率为80%左右，在当时此病原病毒被认为是水稻黑条矮缩病毒的一个新株系或变种。随后周国辉等人通过研究该病原病毒粒体形态、所致水稻细胞病理学特征、自然寄主范围、传毒昆虫种类及其传毒特性、病毒基因组特性及电泳图谱、病毒基因组S9、S10序列后，认为该病毒应为呼肠孤病毒科斐济病毒属第2组的一个新种，暂定名为南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV） 。
2002年至2008年期间，南方水稻黑条矮缩病主要在华南局部地区为害 。2009年，湖南、广东、江西等9省（自治区）水稻受害面积超过30万公顷。2010年，受传毒介体多、毒源充足等因素影响，该病发生明显重于2009年 。在我国广西、广东、江西、湖南、福建、贵州等多个省份呈突发加重趋势，据不完全统计，2010年，中国该病发生面积在133万公顷，给农业生产造成巨大的经济损失 。
