一、外形不同
1、南红玛瑙：为石块状，常见的色彩为甘肃的柿子黄（橙红）、大红、粉、也有不常见的紫红，以及这些色彩的透明或者半透明的变化色，包括接近透明的无色，都大致的定义为南红的色彩规模。
2、珊瑚：珊瑚形象像树枝，颜色鲜艳美丽，可以做装饰品。宝石级珊瑚为红色 、粉红色、橙红色。
二、硬度不同
1、南红玛瑙：南红玛瑙硬度在摩氏7左右。
2、珊瑚：红珊瑚只有摩氏4左右
三、瑕疵不同
1、南红玛瑙：南红玛瑙不可能有白芯和虫眼。
2、珊瑚：红珊瑚因为是珊瑚虫的骨骼，而且生活在深海，难免会有白芯、虫眼等。
四、纹理不同
1、南红玛瑙：南红玛瑙的纹理是比较明显典型的条带状玛瑙纹，高品质的南红是看不到的。
2、珊瑚：红珊瑚的纹理虽然因为品种不同，有些肉眼可见，有些肉眼不可见，但在放大镜下，都可以观察到平行分布的细密的纹理，纵向是波状，横截面有同心圆和放射状，多数珠子和戒面是指纹状的。
