对于中药材鉴定来说，由于高等植物中线粒体DNA 碱基置换速率低，变异率小，因此用于动物的COI 片段不适于做植物分类鉴定，而应该选择核基因和叶绿体基因序列进行鉴定研究。
目前，中国药典中明确的方法是中药材DNA条形码分子鉴定，通常是以核糖体DNA第二内部转录间隔（ITS2）
①为主体条形码序列鉴定中药材的方法体系，其中植物类中药材选用ITS2/ITS为主体序列，以叶绿体psbA-trnH②为辅助序列，动物类中药材采用细胞色素C氧化酶亚基I（COI）
③为主体序列，ITS2为辅助序列。中药材DNA条形码分子鉴定法主要包括供试品处理、DNA提取、PCR扩增、测序、序列拼接及结果判定一系列流程。
中国药典对该方法做出了明确的要求和指导原则。
