一、准备资料
按照规定要求填写《食品生产许可证申请书》（到所在市（地）质量技术监督部门领取）两份；企业营业执照、食品卫生许可证、企业代码证（复印件）一份；不需办理代码证书的，提供企业负责人身份证复印件一份；企业生产场所布局图一份；生产企业工艺流程图（标注有关键设备和参数）一份；企业质量管理文件一份；如产品执行企业标准，还应提供经质量技术监督部门备案的企业产品标准一份；申请表中规定应当提供的其他资料。
二、 申请
食品生产加工企业按照地域管辖和分级管理的原则，到所在地的市（地）级质量技术监督部门提出办理食品生产许可证的申请，提交申请材料。质监部门在接到企业申请材料后组成审查组，完成对申请书和资料等文件的审查。企业材料符合要求后，发给《食品生产许可证受理通知书》。企业申报材料不符合要求的，企业将在接到质量技术监督部门的通知后补正。
三、审查
企业的书面材料合格后，按照食品生产许可证审查规则，企业要接受审查组对企业必备条件和出厂检验能力的现场审查。现场审查合格的企业，由审查组现场抽封样品。审查组或申请取证企业将样品送达指定的检验机构进行检验。经必备条件审查和发证检验合格而符合发证条件的，地方质量技监部门对审查报告进行审核，确认无误后，统一汇总材料在规定时间内报送国家质检总局。国家质检总局收到省级质量技监部门上报的符合发证条件的企业材料后，审核批准。
四、 发证
经国家质检总局审核批准后，省级质量技监部门向符合发证条件的生产企业发放食品生产许可证及其副本。
食品生产许可证的有效期一般不超过5年，不同食品其生产许可证的有效期限在相应的规范文件中规定。在食品生产许可证有效期满前6个月内，企业应向原受理食品生产许可证申请的质量技术监督部门提出换证申请。
食品生产许可证实行年审制度。取得食品生产许可证的企业，应当在证书有效期内，每满1年前的1个月内向所在地的市（地）级以上质量技术监督部门提出年审申请。
食品生产加工企业在食品原材料、生产工艺、生产设备等生产条件发生重大变化，或者开发生产新种类食品的，应当在变化发生后的3个月内，向原受理食品生产许可证申请的质量技术监督部门提出食品生产许可证变更申请。企业名称发生变化时，应当在变更名称后3个月内向原受理食品生产许可证申请的质量技术监督部门提出食品生产许可证更名申请。
