元朝定都北京后，至元二十九年（公元1892年），水利学家郭守敬主持开挖通慧河，引昌平神山泉水及沿途流水及西山一带泉水汇引注入湖中，成为元大都城内接济漕运的水库。瓮山泊始成为调济京城用水的蓄水库。明代湖中多植荷花，周围水田种植稻谷，湖旁又有寺院、亭台之胜，因为这一带风景优美，山水俱佳，酷似江南风景，时人尚有“西湖十寺”与“西湖十景”之誉。明武宗、明神宗都曾在此泛舟钓鱼取乐。明朝一些诗人常把西湖周围地区的自然风光描绘成宛如“江南风景”，“环湖十里，一郡之盛观”。明朝时，每年桃红柳绿时，京城百姓扶老携幼，争往西湖踏青赏春，名曰：“耍西湖景”。
至清朝，乾隆皇帝决定在瓮山一带兴建清漪园，将湖开拓，成为现在的规模，并取汉武帝在长安开凿昆明池操演水战的故事，命名昆明湖，乾隆皇帝在昆明湖泛舟的诗中写到“何处燕山最畅情，无双风月属昆明。”1860年，清漪园被英法联军焚毁。1888年，慈禧太后以筹措海军经费的名义动用3000万两白银重建，改称颐和园，作消夏游乐养老地。二十世纪九十年代，经多学科分析研究证明，该湖已有三千五百年的历史。
