灵芝的种子是非常微小的，呈现出椭圆形或卵圆形的外观。种子的颜色通常是淡黄色或浅棕色。由于种子的尺寸非常小，其直径通常只有几毫米左右。种子表面光滑，没有明显的纹路或凹凸感。通过放大镜观察，可以看到种子表面有微小的孔隙和细微纹理。灵芝的种子携带着灵芝的遗传信息和生命力，是繁衍生息的重要基础。种子的形态特征对灵芝的生长和繁殖起着关键作用。
灵芝孢子褐色，卵形，一端平截，，具双层壁。在每个孢子的褐色内层产生许多针状小突起，深深地伸入孢子壁的透明外层，外层孢壁光滑。灵芝孢子包裹的两层壁十分坚韧，一般的化学，物理方法很难将其打破，故限制了对其化学成分、生物活性成分的研究。
建立有效的破壁方法，可以促进对其生物活性成分的提取及药用价值的研究。
灵芝种子和菌类一样是胞子粉
