崆峒山林深似海，草茂花繁，松柏苍翠，药材遍山。已知的植物有1000余种。其中蕨类植物21科18属30种，裸子植物6科9属15种，被子植物97科397属703种，古树名木有紫果云杉、油松、园柏、五角枫、辽东栎、大果榆、丝棉木等近60棵。招鹤堂孔雀柏和凤凰岭“千年华盖”两棵树的树龄虽都在千年以上，但仍枝繁叶茂，生机盎然。
迄今庙院及残垣断壁旧址尚存古柏可为见证。紫果云杉全山仅见一株，位于庙院，无疑是由人工引植而来，这种情形随处可见。
中台塔院，屹立着一座明代古塔，顶上生有塔松，这是一种罕见的天然盆景。塔松不是别的，而是矮化了的华山松和油松。
崆峒山古树参天，珍奇满目，凤凰岭有世间罕见的桧柏，皇城、中台巨松与黄山迎客松同根，紫霄宫本氏卫矛犹如巨龙腾空而跃，高大的栾树全国罕见。八仙台龙柏从千年之外飞天而来，西台区降龙木随处可见，如此等等，这一切显露着崆峒山无限风光和领袖。
这是国内任何名山所无法相比的。这些古树具有着不同寻常的人文价值，“是人与自然和谐发展的历史见证”。
