果肉内含有16种氨基酸，另外，含有大量人体所必需的元素。另外，含有生理活性较强的皂甙原糖、多糖、苹果酸、酒石酸、酚类、树脂、鞣质和维生素A、C等成分。其味酸涩，具有滋补、健胃、利尿、补肝肾，益气血等功效。主治血压高、腰膝酸痛、眩晕耳鸣、阳萎遗精、月经过多等症。
山茱萸的成熟干燥果实，去核后即为名贵药材山芋肉。果药入药，为收敛性补血剂及强壮剂；可健胃、补肝肾、治贫血、腰痛、神经及心脏衰弱等症。其性味酸涩、入肝、肾经。酸涩收敛，有滋肝补肾、固肾涩精的作用，适用于肝肾不足所致的腰膝酸软、遗精滑泄、眩晕耳鸣之症。
茱萸肉含有丰富的营养物质和功能成分，明代李时珍的《本草纲目》集历代医家应用山茱萸的经验，把山茱萸列为补血固精、补益肝肾、调气、补虚、明目和强身之药。
