A、染色体变异在个体中发生的概率非常小，且该变异引起的差异往往是病态的，A错误；
B、基因突变在个体中发生的概率非常小，且基因突变引起的差异往往是病态的，B错误；
C、进行有性生殖的生物，亲子代之间性状的差异主要来自基因重组，杂交稻的培育原理是基因重组，C正确；
D、环境能影响生物的性状，但这不是子代性状具有多样性的主要原因，D错误．
故选：C．
杂交水稻亲代与子代通过什么来比较异同
花粉落到柱头上后，长出花粉管，再通过花柱伸入子房，一直到达胚珠，花粉管具有精子，胚珠内有卵细胞，花粉管进入胚珠后，释放出精子，精子与卵细胞融合，形成受精卵，这个过程叫受精，像这样，经过两性生殖细胞结合的生殖方式叫有性生殖；不需要两性生殖细胞的结合，由母体直接产生新个体，这种生殖方式叫无性生殖
A、水稻种子繁殖属于有性生殖，红薯的块根繁殖属于无性生殖，不符合题意．
B、袁隆平利用野生稻杂交培育出杂交水稻和小麦都经过两性生殖细胞的结合，属于有性生殖，符合题意．
C、大白菜的菜籽播种属于有性生殖，优良苹果的嫁接属于无性生殖，不符合题意．
D、扦插和组织培养都没有经过两性生殖细胞的结合属于无性生殖，不符合题意，
故选：B
有性生殖最明显的优势是在性细胞产生和结合过程中，遗传物质发生了交换、重组，子代的生命力大大增强，十分有利于生物进化，有性生殖显然比无性生殖先进。
亲代是产生后一代生物的生物，对后一代生物来说是亲代，所产生的后一代叫子代。
亲代所属现代词，指的是产生后一代生物的生物，对后一代生物来说是亲代。另外还有生育产生父母和子女，形成上下代，生物学上代称为亲代意思。
子代是产生后一代生物的生物，对后一代生物来说是亲代，所产生的后一代就是子代，子代是继承了亲本双方的遗传物质，使之能更好地适应不断变化的环境条件。
遗传中子代之所以与亲代相似，是因为遗传物质从亲代传递到了子代，而使子代表现出与亲代相似的性状特征，即俗话所说的“种瓜得瓜，种豆得豆”。
变异中生物个体间的差异，是因为虽然子代是亲代生命的延续，但不是亲代的翻版，表达了遗传与变异的双重含义，遗传使生物代代延续、保持稳定的形态特征，变异使生物不断演进、异彩纷呈。
