戊二醛为强杀菌消毒药，在碱性水溶液(pH7.5~8.5)的杀菌作用较福尔马林强2~10倍，可杀灭细菌、芽孢、真菌和病毒，具有广谱、高效、速效和低毒等特点。戊二醛使用时，可用碱性启动剂配成2%碱性戊二醛，亦可加入聚氧乙稀脂肪醇醚配成不同浓度的强化酸性戊二醛。研究证明，碱性戊二醛和强化酸性戊二醛均具有广谱、高速、高效杀灭细菌繁殖体、芽孢、细核杆菌、真菌和病毒等，且稳定性较强，故使用价值较高。近年来，水产养殖业已开始使用戊二醛，广泛用于池塘水体消毒。
戊二醛水产上的用途是作为消毒剂给鱼类消毒。
戊二醛消毒液是一种新型、高效、低毒的中性强化消毒液，可杀灭细菌繁殖体、细菌芽孢、肝炎病毒等病原微生物。戊二醛有广谱的杀灭微生物能力，2%的碱性戊二醛溶液两分钟可杀灭繁殖体，10分钟可杀灭病毒，20分钟可杀灭分枝杆菌，3
小时可杀灭细菌芽胞；因此戊二醛可作为一种高水平消毒剂，如果暴露时间(10
小时)
足够，也可作为灭菌剂使用；国外戊二醛的初始浓度原则上要高于2%，如用于消毒，暴露时间不低于20分钟，如用于灭菌，则暴露时间10小时；由于在使用过程中很多因素会引起戊二醛浓度的降低：如碱性戊二醛的聚合、水的稀释、使用频率、消毒液挥发和丢失等，因此必须对戊二醛的浓度加以监测。
