1，宏基因组提取；提取的样品DNA必须可以代表特定环境中微生物的种类，除需严格遵循取样规则外，取样中应尽量避免对样本的干扰，缩短保存和运输的时间，使样品尽可能代表自然状态下的微生物原貌，获得高质量环境样品中的总DNA是宏基因组文库构建的关键之一。要采用合适的方法，既要尽可能地完全抽提出环境样品中的DNA，又要保持较大的片段以获得完整的目的基因或基因簇。所以总的提取总是在最大提取量和最小剪切力之间折中。应严格操作，谨防污染，并且保持DNA 片段的完整和纯度。为了更好地反映环境中的微生物种群并且提高阳性克隆的占有率，需要在克隆之前通过不同的方法对感兴趣的目的基因或基因组进行富集，常用的富集方法有稳定同位素探针、抑制性消减杂交、差异显示、噬菌体展示、 亲和捕获及DNA微阵列等技术。
2，测序分析：
采用Solexa进行宏基因组 DNA测序，首先对特定环境微生物种群全基因组DNA进行提取。在提取微生物种群的DNA后制备DNA文库，具体步骤如下：
（1）将DNA随机打断成200-500bp的片段；
（2）对DNA末端进行修复；
（3）将“A”碱基加入到DNA片段的3’末端；
（4）在DNA片段的末端加上接头；
（5）纯化连接产物；
（6）PCR扩增连上接头的DNA片段；
（7）检测测序文库。
em菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的6个属
56余个微生物复合而成的一
种微生活菌制剂。作用机理是形成em菌和病原微生物争夺营养的竞争,由于em菌在极易生存繁殖,所以能较快而稳定地占据土壤中的生态地位,形成有益的微生物菌的优势群落,从而控制病原微生物的繁殖和对作物的侵袭。作用;
控制水环境中氨、硫化氢等有害物质含量，调控养殖池微生物生态结构；
增强水产动物免疫功能，预防病害，增进健康，降低发病率及死亡率；
促进生长发育、增重，增加产量；
净化水质，改善环境，延长换水间隔。
减少病原菌，平衡微生态，减少药物的使用，保障环境安全；
促进有机污染物分解，降低bod、cod，净化水质.
酵母菌群（好气性）。它利用植物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其它有机物质产生发酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质。酵母菌在em原露中对于促进其它有效微生物（如乳酸菌、放线菌）增殖所需要的基质（食物）提供重要的给养保障。此外，酵母菌产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的养分。
