两者前身分别是原山东农学院和山东农业机械化学院；山东农大的校名土气无疑不如更名后的山东理工大学，山东理工大更有招生号召力优势明显；两者都是省属重点大学，山东农大获此名称较早，省内对农大的投入更大；从武书连的大学排名来说山东农大连年位于山东省三个部属院校（山大、海大、石油大学）之后位列第四，是山东省属院校的第一位；全国排名山东农大在70左右，山理工在百名开外；从博硕士点及科研经费成果等方面，农大优势明显并拥有山东省属院校唯一的国家重点实验室；每年的国家自然科学基金数目农大是理工大的数倍；从毕业生占据省内各级各部门重要位置方面，农大学生比例优势很大，省内的影响力和校友资源丰富；如果你想学农业，在山东省内无疑农大是首选，如果你想学理工，理工大和山东科大及原山东工业大学（现并入山东大学）是不错的选择，虽然农大也有此类专业。
