VA菌根和AM菌根是两种不同类型的菌根，也叫做真菌根。它们的区别在于它们与植物根的相互关系，同时在细胞学和形态学上也存在差异。具体区别如下：
1. VA菌根（vesicular-arbuscular mycorrhizae）：VA菌根又称为内生菌根，通常由菌丝和根部真菌的卵囊（vesicles）和条索状菌根（arbuscules）组成。这些菌丝是侵入植物根的内部，形成复杂的排列，与植物根发生完全内生共生关系。VA菌根与多数植物之间产生共生关系，包含了穿孔、分枝等无念菌与植被之间的内生共同体。
2. AM菌根（Arbuscular mycorrhizae）：AM菌根通常由菌丝、束状根比肩（coiled roots）和树枝状根比肩（branched roots）等组成。这些菌根处于植物根外部，并通过侵入植物根部建立菌根共生关系。AM菌根通常出现在杂草和草本植物等类型的植物中。它们形成假性棕色腐朽，棕色颗粒蛋白，而不是内生菌丝或卵囊，主要存在外植物根部，经由颗粒广泛扩展，与珍珠鱼等物质结合，对于提升土地肥力有重要作用。
总之：VA菌根主要存在于多年生木本植物和一些草本植物中，并在植物根内形成真菌，而AM菌根通常存在于杂草和草本植物等类型的植物中，并在植物根外部形成真菌。二者认识上非常相近，但它们还是存在一些不同的特点。
