为规范农业行政执法行为，保障农业行政处罚机关合法、合理、适当地行使行政处罚自由裁量权，保护行政相对人的合法权益，农业农村部制定了《规范农业行政处罚自由裁量权办法》（以下简称办法）。办法规定，法律、法规、规章设定的罚款数额有一定幅度的，在相应的幅度范围内分为从重处罚、一般处罚、从轻处罚。除法律、法规、规章另有规定外，办法将处罚的数额标准分为四类。
一、罚款为一定幅度的数额，并同时规定了最低罚款数额和最高罚款数额的，从轻处罚应低于最高罚款数额与最低罚款数额的中间值，从重处罚应高于中间值。
以销售应当审定未经审定种子案为例，当事人的行为应当依据《中华人民共和国种子法》第七十八条“有下列行为之一的，由县级以上人民政府农业责令停止违法行为，没收违法所得和种子，并处二万元以上二十万元以下罚款：（一）对应当审定未经审定的农作物品种进行推广、销售的”的规定处罚。这里的二万元就是最低罚款数额，二十万元就是最高罚款数额，从轻处罚应低于中间值11万元，在2-11万之间处罚都属于从轻处罚，处2万元罚款属于从最轻处罚；从重处罚应高于中间值11万元，在11-20万元之间处罚都属于从重处罚，处20万元罚款属于顶格处罚。
二、只规定了最高罚款数额未规定最低罚款数额的，从轻处罚一般按最高罚款数额的百分之三十以下确定，一般处罚按最高罚款数额的百分三十以上百分之六十以下确定，从重处罚应高于最高罚款数额的百分之六十。
以农民在蔬菜上使用毒死蜱农药案为例，国家禁止在蔬菜上使用毒死蜱农药，违法在蔬菜上使用毒死蜱农药应当依据《农药管理条例》第六十条“农药使用者有下列行为之一的，由县级人民政府农业主管部门责令改正，农药使用者为个人的，处1万元以下罚款：（二）使用禁用的农药”的规定处罚。该条款对个人只规定了最高罚款数额1万元，没有规定最低罚款数额，对当事人从轻处罚数额为3000元以下，从重处罚为6000元以上，一般处罚为3000-6000元之间，1万元罚款为顶格处罚。
三、罚款为一定金额的倍数，并同时规定了最低罚款倍数和最高罚款倍数的，从轻处罚应低于最低罚款倍数和最高罚款倍数的中间倍数，从重处罚应高于中间倍数。
以经营假兽药案为例，当事人行为应当按照《兽药管理条例》第五十六条“违反本条例规定，虽有兽药经营许可证，经营假劣兽药的，责令其停止经营，没收违法经营的兽药和违法所得，并处违法经营的兽药货值金额2倍以上5倍以下罚款”的规定处罚。该条款设定了最低罚款倍数和最高罚款倍数，适用2-3.5倍之间罚款都属于从轻处罚，适用2倍罚款为从最轻处罚；适用3.5-5倍之间罚款都属于从重处罚，适用5倍罚款为顶格处罚。
四、只规定最高罚款倍数未规定最低罚款倍数的，从轻处罚一般按最高罚款倍数的百分之三十以下确定，一般处罚按最高罚款倍数的百分之三十以上百分之六十以下确定，从重处罚应高于最高罚款倍数的百分之六十。
以销售擅自修改标签内容的肥料案为例，当事人违法行为应当依据《肥料登记管理办法》“第二十八条有下列情形之一的，由县级以上农业行政主管部门给予警告，并处违法所得3倍以下罚款：(三)生产、销售包装上未附标签、标签残缺不清或者擅自修改标签内容的。”的规定处罚。该条款只规定了最高罚款倍数3倍，未规定最低罚款倍数，对于当事人适用1倍以下罚款都属于从轻处罚，一般处罚为1-2倍罚款，适用2-3倍罚款都属于从重处罚，适用3倍罚款为顶格处罚。
