1、可以提高肥效如过磷酸钙、微量元素等肥料，施入土壤后被土壤固定而失效。和有机肥混合用，由于减少了与土壤的接触面，减少了养分的固定，有机肥又可提高磷矿石的溶解度，在水田条件下更好。许多化肥与有机肥混合后，化肥可以被有机肥料吸收保蓄，减少流失。此外，化肥掺有机肥料还可以促进有机肥腐熟，提高肥效。试验表明，化肥与有机肥搭配使用，既可以降低土壤氧化还原电位，减少氨的硝化，也可以减少氮素的挥发损失。一般可使氮肥利用率提高10%～15%。
2、可以减少化肥可能产生的某些不利的副作用在单独施用较大量化肥或化肥施用不均时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至伤根，如与有机肥料混合就不会发生这一问题。另外，如长期单独施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，而产生过多的活性铁、活性铝等有害物质，对作物造成毒害。而同有机肥料混合施用，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。再如，有的过磷酸钙含游离酸过多，做种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，加入有机肥料后，中和游离酸，可减少对种子的为害。
一般来说，肥料和农药的混合使用，最多是叶面肥和农药之间的混配使用。使用时注意以下禁忌：
碱性农药（波尔多液、松脂合剂、石硫合剂）不能与铵态氮肥、过磷酸钙等混合使用，否则会造成氨挥发损失，降低肥效；
含砷农药不可与钾盐、钠盐肥料混合使用，否则会产生可溶性砷，造成农作物药害；
氨水、草木灰、石灰等碱性化肥不能与速灭威、托布津、井岗霉素、叶蝉散、多菌灵、杀虫菊酯类杀虫剂等农药混用，因为有机磷农药一般在碱性条件下会发生分解；
化肥不能和微生物农药混合使用。化肥大多是挥发性和腐蚀性的。当它们与杀螟杆菌、青虫菌等微生物农药混合使用时，容易杀死微生物，降低防治效果。
另外，叶面肥和农药混合使用时，要注意混合顺序，通常为：叶面肥、可湿性粉剂、悬浮剂、水剂、乳油依次加入，充分搅拌混合后再加入下一种。
