不仅仅只能使用登记在证上的的作物。
肥料登记证所适用的作物范围主要取决于该肥料在登记时进行的作物适应性试验结果，并不仅限于证书上列出的特定作物。
肥料在进行登记时需要进行多项试验，其中之一就是作物适应性试验。作物适应性试验不仅仅只实验了登记的作物，还包括了与登记作物同种的植物，所以同种作物之间的肥料即使没有登记，也是可以使用的。
微生物菌肥登记证怎么查询？
不知您用的是那一家肥料登记证，这个肥料登记证是假的。
生物肥料登记证是农业部办理的，农业部办理的所有正式肥料登记证的格式是 农肥准字（XXXX）号，如：
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登记证号 企业名称 产品通用名称
1 农肥准字0047号 新疆汇通旱地龙腐植酸有限责任公司 土壤调理剂
2 农肥准字0046号 武汉洪山区鄂海应用技术研究所 含氨基酸水溶肥料
3 农肥准字0042号 包头市大西北科技发展有限责任公司 微量元素水溶肥料
4 农肥准字0041号 常州市永丰生物活力素厂 微量元素水溶肥料
5 农肥准字0040号 淮安市兴农多元微肥厂 微量元素水溶肥料
6 农肥准字0037号 广西壮族自治区化工研究院 大量元素水溶肥料
7 农肥准字0036号 江西省科学院生物保健品厂 微量元素水溶肥料
8 农肥准字0034号 北京世纪绿都生物技术有限责任公司 微量元素水溶肥料
9 农肥准字0033号 桂林花信植物组培苗有限公司 微量元素水溶肥料
10 农肥准字0032号 安徽省岳西县撞钟化肥有限责任公司 微量元素水溶肥料
而非您所列出的 微生物肥（2006）准字（0298）号，这种格式是省土肥站办理的肥料登记证的格式，省土肥站办的肥料登记证只有四种：1、复混肥料登记证，2、有机-无机复混肥料登记证，3、有机肥料登记证，4、掺混肥料登记证。
如我公司在河南省土肥站办的10个肥料登记证： 豫农肥（2008）准字001号， 豫农肥（2008）准字002号，豫农肥（2008）准字003号，豫农肥（2008）准字004号，豫农肥（2008）准字005号，豫农肥（2008）准字005号，豫农肥（2008）准字006号，豫农肥（2008）准字007号，豫农肥（2008）准字008号，豫农肥（2009）准字0529号，豫农肥（2009）准字0530号。
所以您所说的这个肥料登记证应是一个有机肥料登记证，“微生物肥”四个字应当时企业自己编的，即将“豫农肥”改成了“微生物肥”，以普通的有机肥料登记证来冒充生物有机肥登记证。更严重的一种情况就是，这个企业甚至连普通的有机肥料登记证也没有，这个号纯粹就是瞎编的。
以上回答希望能您有所帮助！
生物肥料登记证是农业部办理的，农业部办理的所有正式肥料登记证的格式是 ?农肥准字（XXXX）号，如：
登记证号 ? 企业名称 ?产品通用名称
1 ?农肥准字0047号 ?新疆汇通旱地龙腐植酸有限责任公司 ?土壤调理剂
2 ?农肥准字0046号 ?武汉洪山区鄂海应用技术研究所 ?含氨基酸水溶肥料
3 ?农肥准字0042号 ?包头市大西北科技发展有限责任公司 ?微量元素水溶肥料
4 ?农肥准字0041号 ?常州市永丰生物活力素厂 ?微量元素水溶肥料
5 ?农肥准字0040号 ?淮安市兴农多元微肥厂 ?微量元素水溶肥料
6 ?农肥准字0037号 ?广西壮族自治区化工研究院 ?大量元素水溶肥料
7 ?农肥准字0036号 ?江西省科学院生物保健品厂 ?微量元素水溶肥料
8 ?农肥准字0034号 ?北京世纪绿都生物技术有限责任公司 ?微量元素水溶肥料
9 ?农肥准字0033号 ?桂林花信植物组培苗有限公司 ?微量元素水溶肥料
10 ?农肥准字0032号 ?安徽省岳西县撞钟化肥有限责任公司 ?微量元素水溶肥料
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代"有机农业"的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂--细菌肥料--微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。
