1.实施以县为单位畜禽粪便污染处理和资源化项目;
如近日发布的《重点流域农业面源污染综合治理示范工程建设规划(2016-2020年)》提出，在洞庭湖、鄱阳湖、太湖、海河流域、松花江、淮河、三峡库区、丹江口库区、巢湖、洱海等重点水源保护区和环境敏感流域，以县委单位，以农业流域为核心示范区，开展畜禽养殖粪污处理工程和畜禽养殖废水农田消纳工程。
1)针对规模化养殖场，主要建设内容包括前处理设施、厌氧消化设施、生物燃气利用设施、厌氧消化剩余物利用设施。
2)针对分散畜禽养殖密集区，主要结合畜禽粪便收集站，建设粪污处理中心。主要建设内容包括堆肥设施、污水高效处理设施、污水转运设施等。
3)对于位于禁养区内、必须拆除的规模畜禽养殖场，对其异地重建及建设配套粪污处理设施予以补助。
截至目前，中央已累计投入310多亿元支持超过9万多个规模养殖场建设。
2.鼓励引导畜禽粪便污染处理PPP模式;
何为PPP模式?PPP模式即公私合营模式，将部分政府责任以特许经营权方式转移给社会主体(企业)，政府与社会主体建立起“利益共享、风险共担、全程合作”的共同体关系。采用这种模式的主要优势在于，政府的财政负担减轻，社会主体的投资风险减小。
3.完善促进市场主体开展多种形式的激励机制;
4.支持规模养殖企业和专业化企业用清洁能源;
5.统筹使用粪便污染治理基建资金;
6.积极协调配套政策，包括有机肥和沼气补贴政策，设施建设用地、农业用电等。
近年来，国家大力推广有机肥替代化肥， 北京、上海、浙江、江苏、福建、山东、重庆、天津等地陆续制定了有机肥补贴政策。补贴标准一般在每吨200-300元，单个主体补贴一般最高15-20万元。领取补贴的要求一般为对每亩使用有机肥数量的要求，比如浙江金华2017年有机肥补贴，要求亩施用商品有机肥200-300公斤以上。具体要求需以地方补贴方案为准。符合要求的农民专业合作社、家庭农场、种植大户、从事农作物生产的农业龙头企业等规模化农业生产经营主体及一般农户都可以申请。
沼气补贴方面，近日，国家发展改革委和农业部联合印发了《全国农村沼气发展“十三五”规划》，提出“十三五”期间，要投资500亿元发展沼气工程。
一、规模化生物天然气工程试点项目
每立方米生物天然气生产能力安排中央投资补助2500元，单个项目的补助额度不超过4000万元，且不超过该项目总投资的40%。
二、规模化大型沼气工程
每立方米厌氧消化装置容积安排中央投资补助1500元，单个项目的补助额度不超过3000万元，且不超过该项目总投资的35%。
三、中小沼气工程、农村沼气建设项目
申报主体：养殖企业或家庭农场、专业合作社、个体户等。
项目要求：参照各地文件(参考生猪存栏200～1000头，蛋鸡存笼1000～5000羽，肉鸡出笼5000～10000羽，奶牛存栏50～100头，肉牛出栏50～100头)。
项目补贴：20万元左右。
