如果分别核算用于生产销售13%的税率货物和其他货物服务的农产品进项税额的，按照增值税专用发票上注明的金额×9%来抵扣，9%全额填写在第6栏“农产品收购发票或者销售发票”，计入第4栏。如果没有分别核算用于生产销售13%的税率货物和其他货物服务的农产品进项税额的，按照统一增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，即按照增值税专用发票上注明的金额×3%来抵扣，填写在2或3栏，计入第1栏。
除以1+扣除率是由于我国实行增值税制度，增值税是按照税前价值的一定比例来计算的，该比例即为增值税税率。而增值税税率是加的，如现行的增值税税率为13%，即加上0.13。因此，在计算农产品核定扣除时，需要将扣除后的销售收入除以1+增值税税率，以确保计算出来的净收入不包含增值税部分，避免重复计税，同时还可以减少农产品生产企业的税负，提高其生产经营效益。
