农业合作社给开的普通发票可以抵税。
增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
农业合作社是建国初期为恢复生产，增强农民抵御自然灾害的能力而成立的农村生产互助组织。是人民公社的较低级形式，在当时人力物力有限的情况下产生。
发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。收据才是收付款凭证，发票只能证明业务发生了，不能证明款项是否收付。
发票是指经济活动中，由出售方向购买方签发的文本，内容包括向购买者提供产品或服务的名称、质量、协议价格。除了预付款以外，发票必须具备的要素是根据议定条件由购买方向出售方付款，必须包含日期和数量，是会计账务的重要凭证。
中国会计制度规定有效的购买产品或服务的发票称为税务发票。政府部门收费、征款的凭证各个时期和不同收费征款项目称呼不一样，但多被统称为行政事业收费收款收据。为内部审计及核数，每一张发票都必须有独一无二的流水账号码，防止发票重复或跳号。
发票就是发生的成本、费用或收入的原始凭证。对于公司来讲，发票主要是公司做账的依据，同时也是缴税的费用凭证；而对于员工来讲，发票主要是用来报销的。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条 在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
一般纳税人要是买的自产自销农产品，可能抵扣9%，深加工加扣1%。专票是按专票上金额抵。
免税发票一般状况下是不可以抵扣增值税的，但是有特殊情况。如下所示：
1、选购的农业生产者生产加工的农业产品；
2、从农户农业合作社选购的本社组员生产制造的农业产品。
以上状况，经营者只可以出具增值税普通发票，消费者可以依照买价和13%的扣除率计算抵税进项税。国有制粮食作物销货公司市场销售粮食作物，免税增值税，但是国有制粮食作物销货公司可以依照13%的税率出具增值税专用型发票，选购的公司，可以依照增值税专用型发票抵扣联上标明的增值税额抵税。这也是国家给予国有制粮食作物销货公司的特殊待遇。
发票介绍:
发票就是指经济活动中，由转让方位买方审签的文字，内容包含向消费者提供商品或业务的名字、品质、协议书价格。除开订金之外，发票必须具有的因素是表明由选择方位出卖方支付，必须包括日期和总数，是财务会计帐务的关键凭证。本文主要写的是免税发票能抵税吗有关知识点，内容仅作参考。
法律依据:
根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号）二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：(一)除本条第(二)项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
(六)《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项和本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
