一、物流能力薄弱
2014年全国物流投资总额为582亿元，而全国的固定资产投资总额为18569亿元，固产投资为农业投资的33倍，从整体发展趋势上来看，我国的固产投资从2004年到2014年增长了1.8倍，而农村物资投资增长为1.5倍物质投资增长明显低于全国固产投资增长，这也是我国农村物流长期得不到发展的重要原因。 农村物流最有代表性的特点是以农作物为主体进行运输，农村物流的正常运作是基于农民日常生产的，只要农业生产活动不停下来，农村物流的发展也不会停滞，而农村物流依赖公路等基础建设，但是我国很多农村处于交通不发达的偏远山区，农村的公用基础设施建设落后，有的农村隔着河却没有桥的情况不少见，村村通公路的规划没有完全实现，这使得农民很难在收获的季节将农作物全部卖出去，容易造成粮食丰收但伤农的问题。 二、物流技术落后 农村物流技术由于其所处环境的影响，交通运输水平普遍较低，虽然有国家的相关支持，但是杯水车薪，并不能进行大规模的设备更新，物流运输普遍使用上世纪90年代的设备。 三、电子商务发展相对落后 目前我国的电子商务的发展已经呈现飞跃态势，城市电商逐渐使人们的日常购买转为网上购物，并且电子商务节省了很大的物流成本，大大提高了物流效率，但是对于农村电子商务，其发展速度仍然较缓慢，因为现有的农业生产仍然以家庭群体为单位，小规模种植是产品分散，难以批量统销，这极大的制约了农产品的网上交易，因为农产品生产如果要进行网上销售，就要保证供货充足，而以家庭为生产单位的农业现状使得这个过程变得复杂，要沟通好每家每户才能进行农村电子商务的联网过程，正因为这种情况，以订单式的网上销售不能实现农产品的定制化生产，这导致农村电子商务长期停留在最原始状态。
现代农产品运输方式有铁路运输、公路运输、水上运输和航空运输。
铁路运输载运量大，连续性强，行驶速度较高，运费较低，运行一般不受气候、地形等自然条件的影响，适合于中长途客货运输。
公路运输虽载运量较小，运输成本较高，但机动灵活性较大，连续性较强，适合于中、短途客运和高档农业产品的运输。为了促进鲜活农产品的流通，我国开设了鲜活农产品绿色通道，在通道上，对整车合法装载运输鲜活农产品车辆免收车辆通行费。“绿色通道”网络的公路收费站点，按规定开辟“绿色通道”专用道口，设置“绿色通道”专用标识标志，引导鲜活农产品运输车辆优先快速通过。
水运（包括内河和海上运输）具有载运量大、运输成本低、投资省、速度较慢、灵活性和连续性较差等特点，适于大宗、低值和多种散装农产品的运输。
航空运输具有速度快、投资少、不受地方地形条件限制、能进行长距离运输等优点，也存在载运量小、运输成本高、易受气候条件影响等缺点，适合于远程客运及高档、外贸农产品与急需农产品的运输。
