根据税务机关规定，从农业生产者手中购进农产品，按销售发票和收购发票注明的买价和9%扣除率计算进项税；如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，也就相当于实际扣除率为10%。国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率（9%或者10%）。
注意：试点纳税人纳税申报时，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。
