农产品可能抵扣9%，深加工加扣1%。
根据《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号）二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：(一)除本条第(二)项规定外，纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
(六)《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项和本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
农产品收购发票可以抵扣吗
这个要具体分析对待，一般来说有专票，按专票，没有的话，计算抵扣
一、从一般纳税人处取得专用发票。购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
二、从小规模纳税人处取得专用发票。根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣?各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。
三、向农业生产者个人购进的自产农产品，可以凭自行开据的农副产品收购发票计算抵扣进项税。农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产农业免税产品时，由付款方向收款方开具的发票。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具。开具收购发票在“发票管理-发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目，则需要到主管税务机关进行申请。开具收购发票应当注意：收购发票上的销售方(农户)，要与购销合同上的销售方一致，销售方确实是给企业提供货物的人。企业给销售方支付货款时，收款人姓名应该与销售方名称一致。即保证业务真实性。
四、农产品生产单位销售自产农产品或向农民专业合作社销售的农产品以及采取“公司+农户”经营模式销售的农产品，都是免征增值税，可以开具免税的农副产品销售发票。作为购买方虽然索取的是免税的增值税普通发票，但仍然可以根据发票金额计算抵扣增值税。可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
购买农产品的发票允许抵扣吗?
可以。《通知》规定,纳税人购进农产品,按下列规定抵扣进项税额:纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的,以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额; 从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额; 取得(开具)农产品销售发票或收购发票的,以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。 农产品收购凭证发票抵扣注意事项有哪些? 从2005年4月1日所属期起,一般纳税人开具收购发票(包括有抵扣联和无抵扣联)必须通过企业电子报税管理系统采集收购发票信息并生成《收购统一发票清单》,连同其它申报资料每月申报时报送主管税务机关。不按时报送的,不得抵扣进项税额。 属于一般纳税人的生产、经营单位从国有粮食购销企业购进的免税粮食,可依照国有粮食购销企业开具的增值税专用发票注明的税额抵扣进项税额。(国税明电[1999]10号) 对于农民个人按照竹器企业提供样品规格,自产或购买竹、芒、藤、木条等,再通过手工简单编织成竹制或竹芒藤柳混合坯具的,属于自产农业初级产品,应当免征销售环节增值税。收购坯具的竹器企业可以凭开具的农产品收购凭证计算进项税额抵扣。(国税函[2005]56号)
