农产品免税是针对农业生产者，13%税率是针对收购并销售者的。免税农产品购进不需要缴纳增值税，可以抵扣13%；生产加工后又出售农产品的要交纳增值税；只有蔬菜和部分鲜活肉蛋产品流通环节免征增值税，其余购买的农产品再销售不得免征增值税。
法律依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条第一款
下列项目免征增值税：
(一)农业生产者销售的自产农产品；
(二)避孕药品和用具；
(三)古旧图书；
(四)直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
(五)外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
(六)由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
(七)销售的自己使用过的物品。
按照买价*13%计算进项税，因为一般向农业生产者购买初级农产品，是无法提供增值税专用发票，所以无法凭票抵扣，只能凭收购农产品的收购凭证计算抵扣。(1)对属于国家税务总局制定的《农业产品征税范围注释》第十条内的农产品适用13%的低税率，不属于的适用17%的税率。(2)提高农产品进项税抵扣率。对增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品或向小规模纳税人购买的农业产品，凭收购凭证上注明的金额乘以13%的抵扣率来计算抵扣税款。(3)这样可以尽最大程度地减轻农民的销项税负担。
