一是组织的目的不同。尽管两者都是为了增进成员的共同利益，降低成员交易的成本，但是农产品行业协会的主要目的是协调业内成员间的生产经营行为，防止因个别成员败德行为而导致的恶性竞争，维护行业内的竞争秩序，实现行业自律；而农民专业合作社是通过成员间的联合行动，实现规模经济、提升成员的竞争力。
二是组织的性质不同。尽管两者都是自愿的、自治的组织，但是农产品行业协会是自律性的社团组织，不得开展营利性的经营活动；而农民专业合作社是互助性的经济组织，是经营实体。
三是成员构成不同。尽管两者都是由利益关系者组成的组组织，但农产品行业协会的成员构成性质多元化，并具有行业的代表性；而农民专业合作社的成员是由经济弱势群体组成，成员相对单一。
四是组织功能不同。尽管两者都为成员提供技术指导与推广、信息咨询、产品推介等各种服务，但是农产品行业协会对外代表成员开展行业维权，对内开展行业自律；而农民专业合作社对内服务成员，对外代表成员直接开展经营活动。
