根据我国农业发展的实际情况，目前农业市场化经营制度创新的主要内容包括以下三个方面：
一是形成有利于农业市场化经营的明晰的产权制度。只有产权明晰，才能为实现外部效应更大程度的“内部化”提供动力，才能产生竞争，提高经济运行的效率。为了实现产权明晰，应重点做好这几项工作：首先，清晰地规定农业生产资料、工商业的农业投资、农业经营实体等的产权关系，保护其产权的实现；建立土地产权的最严格保护制度，在农用地的流转和买卖、治理及结构调整等问题上，充分体现农村集体的所有权、农民的使用权所应享有的利益。其次，制定维护和规范“公司+农户”等市场化经营组织正常运行和利益实现的法律法规，以规范其经营行为和惩罚其违约行为，降低“公司+农户”等组织的交易成本，保证经营组织的正常运行。再次，制定对产权保护执行情况的检查程序，以保障制度执行的公开、透明和有力。
二是充分发挥政府在制度制定与实施以及经济运行过程中的作用，并按农业市场化经营的要求规范和约束政府行为。政府在农业市场化经营制度创新的过程中，应重点做好两方面的工作：一方面，尽快建立和完善农业市场化经营的相关制度，并组织好制度的实施；另一方面，以是否有利于形成农业市场化经营机制及其相关制度为标准，来规定和约束自己的行为。
三是形成农业市场化经营意识。农业市场化经营制度创新既是一次广泛而深刻的生产方式变革，也是一场观念变革；既涉及各级政府管理意识的变革，也涉及农民经营思想的变革。没有观念转变的相伴而行，农业市场化经营制度也难以形成。目前，我国农业生产中的小农特色还比较浓厚，如在乡镇企业、乡镇集体组织中以及土地承包过程中经常产生的“搭便车”行为，农民小富即安等传统思想和随便违约的行为等，这些都妨碍着农业市场化经营机制的形成和相应制度的创新。为了形成农业市场化经营意识，应大力宣传农业市场化经营的重要意义，形成农业市场化经营的共识；在农业生产经营中树立公平竞争的意识，克服“搭便车”行为；形成等价交换的意识，努力降低工农产品的“剪刀差”；加强诚信建设，提高诚信意识，为农业市场化经营创造良好的信用环境。
