与欧美等国家相比，日本有机农业经营以小规模农场和农户占多数，有机农业主要以农作物栽培为主，有机畜牧业发展相对比较薄弱。在实行有机栽培的作物中，有机稻米占50%，有机蔬菜占35%，其余为有机水果、有机茶和有机奶肉蛋等。除有机农产品外，日本还有各类特别栽培的农产品，如无农药、减化肥栽培的农产品，减农药、无化肥栽培的农产品，减农药、减化肥栽培的农产品等等。其栽培面积是有机农产品栽培面积的3~4倍。日本有机农业比较注重精耕细作，强调有机农业的功能和提高农产品的自给率，提倡减农药、减化肥的生产方式。
日本有机农产品销售的最大特征是重视直销。
上世纪七十年代赴阶段，日本有机农产品流通主要采取生产者和消费者直接结合的办法，即成立产销联合组织，其主要优势在于使有机农产品的生产者与消费者之间建立“面对面的相互信赖”关系。1985年随着有机农产品生产规模的不断扩大，一些地方出现了专业配送有机农产品的流通组织，也有一些地方依托生协实行专业配送，这样流通配送覆盖面不断扩大，消费者可以随时随地买到有机农产品。1996年以来，日本市民对有机农产品的需求量不断增加，国外有机农产品也大量进入日本各地，因而日本有机农产品流通进入了多元化流通时期。
其流通的主要形式有六类：
①直销：以产销联合体为主要销售形式;
②宅配：以专业流通配送到户为主要销售形式;
③配送：以生协为运作主体，以配送为主要销售形式;
④专柜：大卖场、超市与有机农场进行订单销售;
⑤专卖店：以连锁专卖店的形式进行销售;
⑥食品加工厂：食品加工厂与有机农场进行订单销售。
从总体上看，在日本有机农产品流通与消费方面有以下四个特征：
①注重食品的安全性：消费者对有机农产品的需求量逐年上升，据预测，日本的有机食品市场每年以20~30%的速度增长。受疯牛病、口蹄疫、O157大肠杆菌等影响，日本市民对食用农产品的安全、卫生、新鲜等提出了更高的要求，有80%的市民都把食品安全作这第一选择。
②鼓励宅配销售方式：日本政府和各类协会都鼓励有机农产品宅配销售，专业配送组织或生协与有机农产品者或组织签订农产品收购合同，由配送组织或生协定期收购并在配送中心加工、分装，然后将分装成箱的有机农产品直接送到消费者家中，或送到分送点，再由分送点分发给周围的消费者。产品销售后的利润，70%给生产者，20%给配送组织或生协，10%给分送点。配送组织或生协在销售上多采用会员制的办法，并根据各会员每年的消费数量，将一小部分利返回经消费者。
③推行订单销售：大卖场或超市与有机农产品生产基地鉴订销售合同，有机农产品销售实行专柜化。如JUSCO商社在日本设立了200多专柜销售有机蔬菜，1996年销售额为30亿日元，1999年达60亿日元，2000年超过300亿日元。伊藤忠商社与山梨县大泉村300多家农户实行订单有机农业，2000年有机蔬菜销售额达100亿日元。
④加强产销沟通交流：为了促进有机农品的流通与销售，日本十分注重加强生产者与消费者之间的相互沟通，通过多种形式在两间之间架起理解的桥梁。各地的有机农业协会都会定期或不定期地举办有机农业节、有机农业体验教育、印刷分发宣传资料、举办有机食品品尝会、演讲会、开展有机农业相关调查等，从多个侧面加强生产者与消费者之间的交流，从而调动了不少消费者主动参与有机农业活动，并为发展有机农业献计献策。
有机农产品的发展途径有可能在一定程度上影响和改变现有的农贸市场模式，但要完全取代它并不现实。这是因为有机农产品在种植、生产、运输和销售等方面都有较高的门槛，其价格也相对较高，所以并不是所有的消费者都能接受或需要。
然而，有机农产品的市场正在不断扩大，这主要得益于人们对健康、环保和可持续农业的关注增加。一些创新的发展途径，例如直接从有机农场送货上门、社区支持的有机农业（CSA）、有机农产品的电商等，都在为有机农业提供新的销售渠道。这些新型的销售模式既能够降低有机农产品的成本，也能够让消费者更方便地获取有机食品。
另外，国家也在推动和支持有机农业的发展，例如提供补贴、提供技术指导等，这也为有机农业的发展提供了支持。
总的来说，有机农业的发展将是一个补充和丰富现有的农贸市场模式的过程，而不是完全取代它。两者可能会共存，并互相促进发展。
