番茄在持续低温，氮肥、水分及光照充足的条件下使养分过分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。
当西红柿苗子长到2叶1心时，内部花芽分化就已经开始，到定植也就是7—9片真叶展开时，一生的花芽分化都已经结束。此段时间内若出现异常的环境变化，比如较长时间低于8℃的夜温等，花芽分化就会受到很大的影响，产生畸形花进而结出畸形果。这种情况下产生的畸形果以多心室畸形果为主，包括指形果，菊花果等。
对于花芽分化不良引起的畸形果，主要是通过培育壮苗来解决。西红柿苗期是决定果实生长的关键时期，苗期要防止长时间出现低温、高温、干旱等以免影响花芽分化，导致畸形。
