日本的水果贵是因为如下原因： 日本国土面积仅377,835平方公里，相当于云南省，且大多是山地丘陵，深林覆盖率超过65%，可耕种土地很少，而且分布散乱。 日本为岛国，纬度偏北。岛上多山地，地形呈现山河相间的状态，虽然降雨丰富，但由于太偏北，多半属温带季风气候，气候寒冷。且东部有千岛寒流流经，起减温作用，同时，由于光热条件的相对不足。所以，日本岛上的水果的质量不是很高，且个头较小，大部分的农产品依赖进口。如日本就从我国的山东、河北、东北等地进口大量的蔬菜和水果。 因此，日本的气候虽然比较舒服，但是由于特殊的自然作件和地形的限制，水果会比较稀少。 日本政府为了能靠自身基本满足一亿多人的农产品需求（光靠进口，被别的国家控制是很危险的事），在土地上大量使用小农业机械（大型机械只能用在平原），采用精耕细作的方式提高亩产量。 因此，无论生产成本和人力成本都相当高昂，即使是经过日本政府的大量补贴优惠，日本农产品的成本比其他国家（如美国）出口的价格还高几倍，价格自然昂贵。 再者，日本本就属于高收入国家，市面上的物品比发展中国家贵一些，也很正常。
