1. 投入成本过大
因为这个技术在我国目前还没有完全成熟，相关技术配套设施还不是特别的完善，所以相关设备以及后期维护费用都比较高，有学者在丽水见过类似的气雾栽培设备，其投入高达10万元。
2. 营养液配制存在问题
目前采用的气雾栽培模式所用的营养液只是单单解决了植物必需元素配方问题，对于植物营养健全问题并未真正了解，这是目前气雾栽培面临的主要技术问题。有大量试验研究证明了气雾栽培可以缩短瓜果蔬菜的生长周期，并且其品质指标也正常，但是其矿质元素含量却升高了，这点也是目前需要深入研究的问题。
3. 对电的依赖性太强
目前气雾栽培所采用动力来源主要是电，设想在果树栽植过程中出现电路故障问题，植物就会因为营养供应不充足、根系缺氧等问题，而出现生长异常甚至死亡的现象。
