银行限额是会影响到自动扣款的。如果自动扣款的金额超过了银行卡账户的单笔限额或者是超过了银行规定的单日交易限额，那么就会导致自动扣款失败，无法成功扣款。如果只是一些续费业务，用户在之后及时完成缴费就可以了。如果是涉及到贷款的自动还款，还款不及时是会影响到用户的征信状况的。
如果遇到银行卡限额影响到了正常业务办理的情况，建议用户要根据限额的情况及时解决相关的问题。如果是银行卡设置了限额导致的，那么持卡人可以通过手机银行或者银行网点柜台对银行卡的限额进行调整;如果是银行卡状态异常导致的限额，那么需要用户携带银行卡及身份证前往银行网点柜台恢复正常;若是银行卡账户存在安全风险问题，需要用户前往银行网点解除风险才可能会恢复正常使用
