一、地理位置不同。
四川农业大学的雅安校区位于四川省雅安市新康路46号。四川农业大学的成都校区位于成都市温江区惠民路211号。成都校区毗邻成都主城区，有便利的交通优势。
二、历史沿革不同
四川农业大学1956年整体迁往原西康省省会雅安成立四川农学院，2001年，进入新世纪，学校在雅安建设了学校新校区，进入快速发展时期。由此经多年发展在建立其他校区以后将雅安校区设置本部。四川农业大学的成都校区前身是1988四川农业大学水稻研究所。2010年7月成立四川农业大学成都校区。
三、占地规模不同。
四川农业大学雅安校区（校本部）与雅安市区共生，占地面积几乎相当于三分之一个雅安市区（约2400亩）。四川农业大学成都校区占地面积600余亩。雅安校区的占地规模要大于成都校区。成都校区除了面积比较小以外其他的都比较好。
四、院系专业设置不同
四川农业大学的雅安校区设立的院系专业有信息工程学院、水利水电学院、机电学院、食品学院、政治学院、文法学院、艺术与体育学院、生命科学学院、理学院等。四川农业大学的成都校区设立的院系有草业科技学院、农学院、资源学院、环境学院、经济学院、管理学院等。
