香菇子实体在生长过程中常常因生产条件的调控不到位而产生畸形菇，影响菇品的商品质量及其价值，使生产效益大打折扣。①出菇密，丛生，菇盖不圆整，菇柄着生位置不规则。②菌丝集结成团，分划不出柄和菇盖。
③菇柄过粗或菇盖畸形，盖小或无盖。
如海拔高的山区，应选中、低温菌种为宜。
若误用高温型菌种，冬季菇蕾一出现，遇低温便萎缩不长，形成"松果菇"。
香菇菌株已生理成熟，在不适宜的季节环境下勉强出菇，常长出与种性不相符的子实体；有的菌株如原为椴木栽培菌株，适应在含氮量很低的椴木中出菇，在木屑、麦皮等含氮量高的培养基中造成生理障碍常出畸形菇。
在菌丝体培育期间，如果发菌室光照过强，靠近窗口的菌袋原基提早形成，袋内菇蕾早现，受袋壁挤压，无法正常伸展。
因此，脱袋后第1批菇容易出现畸形。
有的菇农单凭菌龄，而未掌握菌丝成熟的条件。
因此，脱袋转色差，菇态畸形。
早熟品种一般出菇2-3批后，菌筒水分下降，需浸水补液。
但有的菇农采用的是晚熟品种，也跟着浸水（此时正是晚熟品种处于形成原基时期），一遇水分刺激，迫使原基提早分化，只长菌柄，便形成了"蜡烛菇"。
冬季气温低，菇床上薄膜罩不严，受寒风袭击，正在生长的菇蕾就萎缩干枯成畸形；相对湿度低于70%时，则会出现菇柄柔软或空心。
⑥除部分遗传原因外，假菇主要由原基形成部位过深，大量养分消耗于菇柄生长或者脱袋时气温过高所致。
用不脱袋出菇栽培方法，容易因菇蕾产生后，割袋不及时，使菌袋压迫菇蕾，造成菇蕾畸形。
在香菇原基分化的过程中，出菇场二氧化碳浓度过高；光线太弱；空气相对湿度过高；菇蕾产生后遇到菌袋压迫；机械碰伤等因素都容易出现畸形菇。
⑨生理不成熟，配方不合理，氮素含量过高，通风不良，品种不好，棚内长期处于低温。
①了解菌性，防止引种失误。
栽种前，首先需弄清菌种特性，选用经严格出菇试验、保持优良种性的菌种，以此安排接种季节，推算预定的接种时间。
不要使用不明种性的菌株，而应选用已驯化成熟或选育成功的香菇菌株。
根据菌株的温型特性和栽培地的气候条件，合理准确地安排好生产季节。
②了解菌丝成熟特征，防止盲目脱袋。
脱袋过早，菌丝未达到生理成熟，变异菇就多。
菌丝生理成熟应掌握"一个菌龄、三条标准"。
"一个菌龄"即从接种之日起，经过60天左右；"三条标准"是，袋内瘤状突起的泡沫菌丝占整个袋面的2/3，局部出现棕褐色；手握菌袋有松软弹性感，此时脱袋才适宜。
常规菇脱袋时间宜在气温连续3 d（天）低于16℃时进行。
③掌握转色规律，防止温度失控。
转色期间要注意气温变化，头3天在25℃以内，菇床上的盖膜不必揭开通风。
在正常情况下，12天转色结束，3天后出现第一潮菇。
转色时，要求温度不能低于12℃，不能高于25℃，出菇期的最佳温度为15℃。
④掌握变温原理，防止温差刺激不够。
变温适当，出菇多，形态好，无畸形菇。
正确的变温法是白天用薄膜罩住菇床，晚上12时后揭开薄膜1小时，使日夜温差在10℃以上，菇蕾大量发生。
要求在转色后连续变温3-4天。
⑤及时适量浸水，防止水分过高过低。
菌筒含水量低于40%时，出菇难，小形菇多。
