首先是择优选择污水处理工艺。要根据地域地形、人口分布、经济水平、气候条件和区域环境容量选择处理工艺，某些技术虽然先进，但是复杂性较高，地区难以管理、运行困难、成本高昂都不利项目长期运行。建议结合各地实际，开展广泛讨论研究，选择更为实用的技术方案，尽可能从源头上降低污水运行成本。
其次专业化规模化的运维管理能是降低成本的必然选择。由于污水处理项目技术性、专业性偏强，地方缺少专业人员，因此村镇污水处理项目宜交给专业的公司来运行。推进规模化运行，通过建立较为一体化运维模式，科学配置管理人员、巡查人员、在线监控平台，统筹区域镇级和村级污水处理设施的巡查、维护和管理，以污水处理规模化效应，降低县域污水处理运行成本。
电费是污水处理费用的重要组成部分，是最直接的费用成本开支，因此农村污水处项目在选择设备时，宜选择节能型的微动力设备。如果将镇村污水处理电力费用纳入农用电体系，这样将大大减少电费的开支。
