Big Boss，也就是本作的Snake(他和四代主角Solid Snake算是父子关系)，在三代「食蛇者行动」中亲手杀害被冠上叛国罪名的师父「The Boss」，也从她手中继承了「贤者的遗产」，在Kaz的帮助之下建立了海上的「MSF(无国界军队)」组织。这是一个专属于佣兵的国度，不隶属于任何国家。同时，曾与Snake携手建立美国特务组织「FOX」的Zero少校，则秘密建立了另一组织「Cipher」，并且派遣双面间谍Paz渗透窃取MSF的新型兵器「ZEKE」 ，然而事迹败露，Paz被Snake打倒后落海生死不明。
Snake：让你久等了吗?我：哇嘎嘎嘎! ! ! (失控粉丝)
这次Snake要拯救的人之一：Chico。那Paz又身在何处?
当然一个拥有大型兵器与众多佣兵的组织，是不可能见容于其他军事强权的。就在Snake意外接获Paz生还的消息，得知她被美军俘虏至古巴基地拷问的同时，联合国也表示要查验MSF是否持有核武。由于Paz是唯一知道Zero所在地的关键人物，于是Snake决定趁联合国的「客人」造访MSF时，只身冒险潜入古巴基地，救出Paz与之前冒进救人反而也被俘虏的少年兵Chico。然而，Snake却不知道他与MSF早已深陷谜样组织「XOF」的陷阱当中
XOF首领「Skull Face(骷髅脸)」。他口中的「讨伐海盗去」又是什么意思?
《合金装备5：原爆点》承继了系列作的传统，是一款正统的匿踪游戏。玩家越是不被敌军察觉与避免杀人，不但对战局极为有利，任务过关评价也会变高。 《原爆点》采用了现行匿踪游戏流行的标记系统，只要利用望远镜或一定距离内举枪瞄准，就能标记敌人以便追踪其动向。除此之外，Snake还带了一个就算是现在的科技也做不出来的情报装置「iDroid」，玩家可以利用它查阅地图、标记目标地点，甚至呼叫直升机等等。而玩家藉由胁迫敌兵而获得的情报也会收录在iDroid中。
用方向键即可切换武器。初期有麻醉枪、灭音步枪与手榴弹可用。
用望远镜即可标记敌兵。
超不科学的iDroid。可以用A键标记目标地点，游戏画面就会出现箭头指示。
还可以呼叫直升机，降落区的危险度都各不相同。
最安全的降落区其实就是Snake任务开始时站的地方。
但千万别以为敌兵是好惹的，《原爆点》敌兵的视力与警觉性远远超过系列前作登场的「前辈」。一旦发现任何风吹草动，或是发现同僚倒地、摄影机被破坏、无线电没人回，他们就会请求总部支援并加强巡逻。除了敌兵，监视器也是很讨人厌的玩意儿，正当你以为自己神不知鬼不觉，头上的监视器就对着你笑，笑到敌兵增援为止。当然你可以把监视器打坏，不过总部还是会发现有异状，派一两个小兵到「案发现场」巡逻，总之，不管怎么做都有风险。
当敌兵有所警觉时，画面上会出现白色弧光指示敌兵的位置。而且背景音乐也会变。
Snake的天敌：监视器。
关于《合金装备5：原爆点》玩法技巧上的一些心得，仅供参考，我是属于猎豹流的(玩过细胞分裂6的都知道这是什么意思)
1.消音器很珍贵省着点用(修改器流可以无视)
2.空弹夹和望远镜是个好东西多多利用
3.没有十足的把握别开枪浪费子弹不说还消耗消音器
4.这不是COD敌人开两枪就死
5.侧面想爆头尽量朝脸打，打后脑勺很容易判定为打后背
6.中近距离被手电筒照到不要动不要急着开枪(这游戏光线效果很好但是同时会影响你的视线，很容易打不准。)等他发现你会有子弹时间，利用 放下电筒和子弹时间抓紧爆头(打脸别打额头，普通难度一枪就够了。)很省子弹和消音器(这条是对于趴着的时候单个敌人发现你最有效的解决方法，站着的话能跑就跑吧，别傻不拉几的站着。)
7.房顶(不是警戒塔)是个躲避地面敌人的好地方，趴在那里敌人找不到(别趴房檐位置)，至于警戒塔会不会发现我就不知道了，我本人首先考虑干掉的就是警戒塔所以我趴的位置周围警戒塔都是失效的(人被我干掉了)
8.如果找不到能上的楼顶，那就去学学盖伦(这不需要我多说了吧)
9.如果想玩近战首先考虑和实行第二条(别问我为什么我到现在还在后悔呢)10.修改器流的建议只开无限弹药和消音器，这会很像是细胞分裂和杀手47的武器系统不用考虑消音器的损耗
11.瞄准后再按F(键位是原始设定的情况下，改过的另当别论)可以切换为FPS模式，大大的提高了射击精准度但是以上第三条和第五条第六条就是为这个准备的
12.麻醉枪打头起效快(参考PSP版的和平行者的这个版本肯定有些出入但是基本上不会有错)
13.空弹夹的使用，按住3可以选择投掷装备，初始有手雷 空弹夹和信号烟雾弹(召唤直升机用的)，至于空弹夹的效果游戏里自带介绍。
