养殖水域滩涂许可证发证率低的问题有：
1、各市水域滩涂养殖发证登记工作快慢不一。虽然在推进水域滩涂养殖发证登记工作，但推进工作力度不一，进展有快有慢。
2、未安排专人负责水域滩涂养殖发证登记工作。没有把水域滩涂养殖发证登记工作作为一项渔业生产管理重要工作来抓，没有安排或落实专人负责水域滩涂养殖发证登记工作，导致水域滩涂养殖发证登记工作推进缓慢。
水产养殖证办理条件
根据《中华人民共和国渔业法》第十一条、《水域滩涂养殖发证登记办法》第三条、第五条等法律法规，灵山县罗仔鱼苗场向我局提出申请办理水域滩涂养殖证，经我局受理，现已完成相关审核程序，拟上报灵山县人民政府审批发证，现予以公示。
一）1.申请人：使用国家规划确定用于养殖业的全民所有的水域、滩涂的单位或个人；
2.（二）申请内容：全民所有水域和滩涂养殖使用证的审核；
（三）申请条件：
1.养殖证申请表；
2.公民个人身份证明、法人或其他组织资格证明、法定代表人或者主要负责人的身份证明；
3.依法应当提交的其他证明材料。
法律分析：申办养殖证的水域、滩涂必须是经县级以上地方人民政府依法规划或者以其他形式确定可以用于水产养殖的水域、滩涂（池塘、河沟、湖泊等）。农田养殖不能办理养殖证。
法律依据：《水域滩涂养殖发证登记办法》第五条 使用国家所有的水域、滩涂从事养殖生产的，应当向县级以上地方人民政府渔业行政主管部门提出申请，并提交以下材料：
（一）养殖证申请表；
（二）公民个人身份证明、法人或其他组织资格证明、法定代表人或者主要负责人的身份证明；
（三）依法应当提交的其他证明材料。
