冒险，从莎拉镇开始了。不论是奥得博士的研究所还是小键的家，都座落于这个城镇中。前往至第1线路之后，奥得博士就会登场，乖乖的和他去研究所吧！桌子上有三个精灵球（妙蛙种子、杰尼龟和小火龙）去选择一个自己喜欢的怪兽（本人选择杰尼龟），博士拜托你去道吉市的友谊商店拿回托送物品，刚要离开，小键前来挑战，于是，你的初次对决开始了（战斗过程中系统会有战斗提示，所以初学者不用担心）轻松获胜后，去道吉市友谊商店从店主那里得到托送物品，回来交给博士，就会得到口袋怪兽图鉴了，要离开家乡的时候，千万不要忘记去姐姐家里索取地图（城内地图）那可是冒险必备之物。
通过了1号道路后，再次来到了道吉市，如果此时前往左边的22号道路，就会再次与小键战斗（依据此处战斗的胜负结果，小键所拥有的怪兽进化形态也会发生变化），在游戏的开始阶段道吉市立体育馆是无法进入的，所以只好向北方进发了（出口处的老爷爷会教你如何进行怪兽捕捉，初学者好好学习一下吧！）通过了2号道路的道吉之森出入站后就来到了神秘的道吉之森，这里有不少怪兽训练员，可以和他们进行挑战以获取经验值和金钱,这里的路上可以拣到广播电视，可以随时提供在线演示，十分方便。森林里生活着各种各样的昆虫系怪兽，如果这时有飞行系的怪兽在队伍中，会对战斗十分有利！
走出森林后，来到了比尼市，如果认为怪兽等级够高的话，就去挑战比尼市立体育馆的小刚吧，看过动画的人应该知道，他可是训练岩石系怪兽的高手。打败他以后获得了灰色徽章和39号秘籍（岩石封印 100％追加效果让敌人速度下降一个等级）比尼市最著名的科学博物馆是向游人开放的，只要花50元就可以进入参观，里边可以看到传说中的口袋妖怪化石镰刀盔和化石翼龙的骨骼标本，二楼还可以看到航天飞机的模型，有一对亲子虽然很想要主角身上的怪兽，但是因为和所有人很熟识地缘故，所以只好放弃了。
离开了比尼市，来到了3号道路，这里到奥西米山洞之间有八位训练员登场，好好利用奥西米山洞入口附近的pc进行及时的恢复吧，在pc大厅左上角会有人出价500元卖秘密怪兽,其实就是鲤鱼王，玩过红绿蓝的朋友应该不会上他的当了吧。
一切准备就绪以后，就可以进入奥西米山洞了，里边同样有很多训练员等候主角的挑战，而且，还有身穿黑色衣服的火箭团挡路，经过了重重难关终于到达了山洞的另一端，这时会和考古专家对战，战胜后取得化石的其中一种（左边龟壳化石，右边甲壳化石）不管是做什么用的，先出洞再说（怪兽快撑不住了啊）
来到空旷的4号道路，途中会遇到两个格斗家，可以向他们学习威力强大的招式，左边的会教授冲钳，右边的会教授花踢（好怀旧的招式啊！）一定要记得让你的怪兽学习，之后来到了著名的水都（守护神?）——那达市，在那达市中，拥有水系怪兽的馆主小霞早已经做好准备在此等候着主角的到来，将其击败后可以取得蓝色徽章和03号秘籍（水波动有20％可能性追加效果让对手进入混乱状态），在pc左边的屋子里，老人会向你交换蚊香蛙，但是你要有红唇姐（就是冰系＋超能力系的那个人形怪兽)才可以换得，左上方民居内的老人会给你解释各属性的特点，现在如果没有兑换卷的话，自行车价格简直是天文数字（1000000元）所以不要理会，向北方继续前进。
刚到24号道路，小键再度出现，他的怪兽非常厉害，属性也很全面，要用相克的属性招数来对付，战胜后他会送给主角类似于前作口袋导航仪的装置，主要用于和重要人物、馆主进行联络。在离开了那达市后，来到了黄金球大桥，只要打败桥上的五名挑战者并击败火箭团员（刚开始说话还挺客气，后来狐狸尾巴就露出来了）就可以获得金珠最为奖励，进入25号道路后仍然有许多挑战者严阵以待，注意善用恢复道具，继续向前走会看到一个小屋，屋里面只有一只皮皮，和他对话后发现原来是个人，等他进入交换机以后操作下边的电脑就可以帮助他恢复原状，为了表达谢意，他会送给你非常重要的安尼号轮船的船票。再度回到那达市，右边房子门前的警卫会让开，进入后发现屋内一片狼藉，顺着脚印从后边的洞口出去，会遇到火箭团的人（真是无恶不作，让人家怎么住啊？）好好教训他一顿以后，他留下了28号秘籍（挖洞蓄力一回合第二回合攻击，可用于逃出迷宫）逃之夭夭。继续向下方前进，就来到了5号道路，顺着坡道下来可以进入精灵屋，可以在这里存放你的怪兽进行养育，下边的山野市检查站有检查人员暂时无法通过，所以，只好走右边的地下通道了，入口处的小女孩可以用尼多娜换取尼多兰。
隐藏关
通関以后读取存档，博士将我带到研究所里将妖怪图鋻升级为386图鋻（需要妖怪捕获数在60只以上）之后来到枯叶市的码头，坐船回到一号小岛，和PC屋右边的那个博士谈话之后他把船票和地图升级，然后往北走，来到捉火鸟的山脚下，上了台级往右走，在尽头发现两个火箭队的成员守在一个山洞口，和他们对战后，进入山洞，在最深处找到了一块红寳石，出了山洞，回到一号岛屿的PC屋里，将刚才在山洞得到的红寳石交给右边的博士，出了PC屋，来到码头，现在以经可以坐船去四号小岛。
来到四号小岛，（冰天王康娜的老家），发现了一个妖怪饲养屋，现在才可以让妖怪生蛋，另外还在一个居民家里得到进入训练员塔的通行证，从四号岛屿上右边的小水塘里游过去，来到了一个冰冻的瀑布里，进入瀑布左边的洞里，在里面找到07号特技攀登，攀上那条瀑布了，在山洞里面遇到了冰天王，她正在训斥一群火箭队员，我见到这个欺负火箭队员的好机会当然不会放过了，和冰天王一起轻松搞定了他们，在冰天王的威胁下得到了开门的密码（またまた ダマダマ，以后会用到），之后来到码头，坐船到五号岛，岛右下有火箭队的基地，使用密码后……门还没有开，原来还少另外一段，只好坐船到了六号小岛和岛上的人谈话后，来到小岛最南部的大门前，用砍树特技将大门打开，在最深处找到一块蓝寳石，但没有密码拿不走这时候火箭队的一个研究员突然到来，抢走蓝寳石，顺便得到了另外一段密码（カブトはとぶか，汗……甚麽么样的密码啊），追到五号小岛上的火箭队基地里（基地里有特殊的球，隐藏的），来到五号小岛上右边的火箭队研究所里，拿回蓝石，来到一号岛屿的PC屋里，将找到的蓝寳石交给博士，最后可以到七号小岛！小岛路上山洞里的石头分别推入凹坑里，神秘PM安侬就会出现在下面的遗迹里
最后就可以回到花田市，在花田市的左边山洞拦住出口的人现在已经离开，终于可以进入山洞捕捉最强的口袋妖怪超梦了（非常好用）
