目前，食品加工废水处理方法主要有：
(1)物理处理法：主要有筛滤、撇除、调节、沉淀、气浮、离心分离、过滤、微滤等。
(2)化学处理法：主要有中和、混凝、电解、氧化还原、离子交换、膜分离法等。
(3)生物处理法：主要好氧法、厌氧法、稳定塘、土地处理以及由上述方法的组合。
食品加工废水的处理方法有多种，但一种方法单独处理往往效果不佳，需要针对不同工业废水的水质特点，以及污染物的成分不同，采取多种技术联合处理，才能取得理想的处理效果。
食品加工项目污水处理与生活污水处理的区别是食品加工项目污水处理难度大，生活污水处理波动不大。工业污水在处理难度较大，在处理之前需要严格测定水中污染物的成分。然后根据污染物浓度确定处理方法。因此工业污水处理大多采用定制设备。常见的工业污水处理方法有、化学药剂中和法、氧化还原法、厌氧生物处理法、混凝澄清法、化学沉淀法、离子交换法、膜分离法、吹脱萃取法、蒸发结晶法等等。生活水的浓度和成分基本稳定在一个范围内，波动不大。处理方法一般是根据项目的规模和预算以及设计出水水质来定的。城镇污水大多由污水处理厂负责。传统污水处理厂的方法主要是：SBR、A/O、A/A/O、氧化沟等，随着出水要求的提高，很多污水处理厂采提标改造用采用MBR工艺。而在农村生活污水处理一般是建设小型污水处理站，采用一体化污水处理设备处理，达标排放标准后直排或者回用。
