土木建筑工程学院于2000年8月新武汉大学组建后，由原武汉水利电力大学土木与建筑学院、原武汉测绘科技大学城市建设学院的相关学科组建而成。原武汉水利电力大学土木与建筑学院源于1928年国立武汉大学工学院的土木系。
1952年，全国高等院校院系调整时，土木系从武汉大学调整到中南土建学院，其中土力学、建筑力学、钢筋混凝土等教研室并入武汉大学水利学院，1954年成建制并入武汉水利学院水利土壤改良系和水利施工系；1984年6月武汉水利电力学院成立建筑工程系；1996年建筑工程系更名为建筑工程学院；1998年土力学、结构力学、材料力学和弹性力学四个教研室调整到建筑工程学院，并更名为土木与建筑学院。原武汉测绘科技大学1984年成立工业与民用建筑筹建办公室，挂靠工程测量系；1990年成立建筑工程系，与工程测量系合署办公；1992年建筑工程系从工程测量系分离出来，独立建制运行；1993年建筑工程系与城市规划中心(1985年成立)合并，组建城市建设学院。
