河海大学常州校区和南京校区的区别如下：
1、地理位置不同
南京校区：江苏省南京市江宁区佛城西路8号；
常州校区：江回苏省常州市晋陵北路200号。
2、建校时间不同
南京校区：河海大学南京校区可以追溯到1915年创建于南京的“河海工程专门学校”，是中国第一所培养水利人才的高等学府。1924年与国立东南大学工科合并成立河海工科大学。
常州校区：河海大学常州校区的前身可以追溯到常州电力机械厂机械职工大学，1986年河海大学机械学院成立，1996年5月河海大学机械学院更名为河海大学常州分校，2000年6月河海大学常州分校更名为河海大学常州校区。
3、院系设置不同
南京校区：学校设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、计算机与信息学院、机电工程学院、物联网工程学院、力学与材料学院、地球科学与工程学院、农业工程学院、海洋学院、理学院、商学院、企业管理学院、远程与继续教育学院等56个本科专业。
常州校区：河海大学常州校区设有机电工程学院、物联网工程学院、企业管理学院和基础学部等15个本科专业。
