注册水产养殖协会需要遵循以下步骤：
准备材料
筹备申请书；
业务主管单位的批准文件（渔业局批文）；
验资报告、场所使用权证明；
发起人和拟任负责人的基本情况、身份证明；
章程草案；
社会团体法人登记表；
提供会员大会或会员代表大会通过的章程及有关决议。
提交申请
由业务主管单位进行资格审查，符合条件的，出具同意筹备的批准文件；
社团发起人应在收到业务主管单位批准文件之日起3个月内，向登记管理机关申请筹备成立。
受理与审查
民间组织管理局受理，开具《申请筹备成立社会团体受理通知书》；
准予筹备成立的社会团体，应在6个月内召开会员大会（会员代表大会），通过章程，产生执行机构、负责人和法定代表人，并向社团登记管理机关申请成立登记；
登记管理机关在15日内完成成立登记审查工作，对符合规定的发给《社会团体法人证书》。
公告与登记
对符合规定条件的，在5个工作日内，送达《不予受理筹备成立社会团体通知书》；
登记管理机关完成登记后，需要进行公告。
建议：
在申请过程中，确保所有材料的真实性和完整性，特别是业务主管单位的批准文件和验资报告。
提前与当地的登记管理机关沟通，了解具体的申请流程和可能需要的额外材料。
如果涉及到养殖专业合作社，可能还需要进行环评、卫生许可等前置审批。
