企业破产时，员工补偿金的清算应遵循《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规。以下是清算的详细步骤和要点：
优先清偿顺序
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，首先用于清偿破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用。
其次是所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
补偿金计算方式
员工补偿金的计算方式主要依据员工在该公司所供职的时间。具体标准如下：
每为公司服务满一年，可获得一个月的工资作为补偿。
若员工在公司供职超过六个月但不足一年，则按一年工龄计算。
若员工在公司供职未满六个月，则得到半个月的工资作为经济补偿。
特殊情况处理
如果员工的月工资水平超过当地上年度职工月平均工资的三倍，经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
其他注意事项
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
员工权益保护
员工无需申报，由管理人调查后列出清单并予以公示，确保员工能够及时获得应得的补偿金。
综上所述，企业破产时员工补偿金的清算应严格遵循法律规定，确保员工的合法权益得到最大程度的保障。建议企业在面临破产时，及时与员工沟通，明确补偿金的计算方式和支付方式，以减少纠纷和冲突。
